Em 2006, seu ano de estreia como clube profissional, o Legião conquistou seu primeiro título ao vencer o Campeonato Brasiliense da Terceira Divisão, derrotando o Brasília na final. No ano seguinte, foi vice-campeão da Segunda Divisão, após uma campanha brilhante, mas perdendo para o Brazlândia na final por 4 a 2. Apesar da derrota, o clube garantiu o acesso à Primeira Divisão em 2008, com uma campanha impecável na fase inicial, somando oito vitórias em oito jogos, com 22 gols marcados e apenas um sofrido.
**Primeira Divisão e Campeonato Brasileiro Série C**
Em 2008, o Legião estreou na elite do futebol candango, conquistando a permanência ao terminar em sexto lugar. Com as desistências do Ceilândia e do Brazlândia, o clube obteve uma vaga no Campeonato Brasileiro da Série C de 2008, onde foi eliminado na primeira fase, ficando em último lugar no grupo, que incluía o Esporte Clube Dom Pedro II, Anápolis e Itumbiara.
**Rebaixamento e Tentativa de Retorno**
Em 2009, o Legião foi rebaixado após terminar em sétimo lugar no Campeonato Brasiliense da Primeira Divisão. Em 2010, a equipe disputou a Segunda Divisão, mas ficou novamente em sétimo, não conseguindo retornar à elite. No entanto, em 2011, a regra que promovia seis equipes para a Primeira Divisão permitiu que o clube, terminando em quarto lugar, voltasse à divisão principal. O Legião permaneceu na Primeira Divisão em 2012 e 2013, mas foi novamente rebaixado em 2014.
**Clássicos e Rivalidades**
**Legião x Capital – Clássico do Rock**
O confronto entre o Legião e o Capital é conhecido como o "Clássico do Rock", em alusão a duas das mais icônicas bandas de rock de Brasília: Legião Urbana e Capital Inicial. Embora o nome do Capital faça referência à sua localização na capital federal, a rivalidade entre os clubes é marcada pela associação cultural com o rock brasiliense.
