A equipe foi fundada em 13 de dezembro de 1926, na cidade de Santa Luzia, atualmente conhecida como Luziânia, por Manoel Gonçalves da Cruz, um mineiro desportista, comerciante, professor e pioneiro do automobilismo. O clube foi batizado como Associação Atlética Luziana.
A primeira diretoria era composta pelo próprio Manoel Gonçalves, com Carlos Machado de Araújo como presidente e Delfino Meireles e Paulino Lobo Filho entre os demais membros. Em 13 de dezembro de 1945, a cidade foi oficialmente renomeada para Luziânia, levando o clube a mudar seu nome para Associação Atlética Luziânia.
### Luziânia Esporte Clube
Em uma reunião realizada no Clube Recreativo e Cultural de Luziânia, em 26 de julho de 1959, Francisco das Chagas Rocha foi eleito presidente e renomeou o clube para Luziânia Esporte Clube, alterando também o uniforme de vermelho e branco para preto e branco. O primeiro estatuto do clube foi publicado em 10 de abril de 1960.
A primeira participação do Luziânia no futebol do Distrito Federal foi na Segunda Divisão do Campeonato Brasiliense de 1963, onde conquistou o segundo lugar. Isso lhe garantiu a vaga na Primeira Divisão do Campeonato Brasiliense de 1964, em que se destacou, terminando como vice-campeão. O clube disputou o Campeonato Brasiliense em 1964, 1966, 1973 e 1974.
### Luziânia Futebol Clube
Em uma reunião no Colégio Santa Luzia, em 9 de novembro de 1981, o clube foi renomeado para Luziânia Futebol Clube. Em 1992, após acesso à primeira divisão do futebol goiano, a equipe participou do campeonato estadual, mas teve dificuldades financeiras e foi rebaixada em 1995.
### Associação Atlética Luziânia
Em 1995, o torcedor José Egídio Pereira Lima solicitou o retorno do clube ao futebol brasiliense. Com ajuda de dirigentes locais, o Luziânia voltou a competir, adotando o nome original, Associação Atlética Luziânia, e incorporando a Igreja do Rosário ao escudo.
O retorno ao Campeonato Brasiliense em 1996 foi marcado por uma boa campanha, e o clube foi bicampeão da categoria júnior em 1996 e 1997. Em 2002, após ser rebaixado e promovido, disputou a Série C do Campeonato Brasileiro. O Luziânia continuou alternando entre divisões, até conquistar o vice-campeonato da Segunda Divisão do DF em 2008 e, em 2010, ser rebaixado novamente.
Em 2012, o Luziânia conquistou o primeiro turno do Campeonato Brasiliense, o que lhe rendeu vaga na Copa do Brasil de 2013. Enfrentou o Fortaleza, sendo eliminado nos pênaltis, com o goleiro Edmar Sucuri se destacando. Em 2015 e 2017, o clube disputou novamente a Copa do Brasil, mas foi eliminado por América Mineiro e Vitória, respectivamente.
### Bicampeonato Brasiliense
Em 2014, o Luziânia iniciou o Campeonato Brasiliense vencendo o Gama. Com um elenco reforçado, conquistou o título em 17 de maio de 2014, tornando-se a primeira equipe de outro estado a vencer uma competição do DF. Em 2016, conquistou o título invicto, desta vez vencendo o Ceilândia na final.
### 2022
Em 2022, o Luziânia foi rebaixado no Campeonato Brasiliense.
### Rivalidade com o Gama
O confronto entre Luziânia e Gama começou em 10 de março de 1996, com vitória do Gama. Em 30 de janeiro de 2005, o Luziânia conquistou sua maior vitória sobre o Gama, por 4x1. Em 2020, o Gama aplicou sua maior goleada sobre o Luziânia, vencendo por 5x1 no Campeonato Brasiliense.
